监测检查是针对违反食品安全法概率较低的食品所采取的检查制度，并根据年度计划实施检验检疫。检测检查的抽查率为10%，费用由日本国家承担。日本通过其管理的31个检疫所进行监测检查，一般情况下，监测检查允许客户先办理通关手续，在少量抽查并确认货物无安全隐患的前提下，允许报检货物办理通关手续进入日本国内市场。如货物进入日本市场后通过抽查发现问题, 日本也有相应的措施进行召回。在货物上市后,日本检疫当局从允许入境的货物中有计划的抽取一定数量的产品,分送到七个检疫所进行检疫。其间通过监测检查如发现违法货物, 将采取措施进行退货或废弃处理。
命令检查即强制性检查，是针对违反食品安全法概率较高的食品所采取的检查制度，检查内容以及对象是通过行政命令进行规定，以命令形式指定有关检查机关进行检查。对确定为命令检查的产品进行批批检验，检查率达到100%，费用由企业承担。在检查结果出来前, 货物被停留在港口不允许办理入关手。
进口食品在检测检查中出现两次违反食品安全法的事例，则对该产品实行命令检查。如果产品多次被启动命令检查，日本检疫当局可能将这些违规企业列入黑名单，并禁止这些企业向日本出口食品及农产品。
除了食品，进口食品添加剂、食品器具、容器、包装等也必须同样接受卫生防疫检查。日本食品检验检疫的主要内容包括农药残留、有毒有害物质、微生物污染、抗菌性物质、重金属污染、二氧化硫、霉茵毒素、使用材料标准、容器包装、防腐烂、防变质、防霉措施、有无卫生证明书、保存标准等。对于不合格产品，日本采取了销毁或退货措施。
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