——进一步加大宣传力度，普及大实蝇等植物害虫对人畜无害的科学知识，消除消费者的恐惧心理。
——立即向各省区市下发“关于应对柑橘事件”的明传电报，提高认识，成立应急工作组，加强情况调度、疫情排查、统一宣传等重点工作。及时掌握柑橘主产区采收、销售进度以及价格变化情况，加强分析，制定应急预案，采取必要措施。
——做好滞销柑橘储藏和销售工作，组织各级农业部门指导农户搞好产品贮藏保鲜，抓好产销衔接，积极联系客商、提供信息，帮助农民解决产品滞销问题。
——及时控制扑灭疫情，组织各地植物检疫机构对所辖区疫情进行深入排查，加强果实、苗木运输过程中的检疫；对已发现实蝇的果园，采取摘除受害果、拾捡落果，并进行无害化处理。
广元大实蝇疫情发生后，农业部立即要求四川省农业部门封锁扑灭疫情。当地及时发布了疫情防控通告，总体动员，将蛀果摘除，由政府统一收购，进行深埋、消毒等无害化处理。10月10日前，已完成全部蛀果处理，共1252吨。同时，加强集贸市场检查，并在疫情发生区的主要交通要道设立了检查检疫站，坚持24小时值班检查，严禁蛀果上市和向外调运。目前，经四川省农业部门普查，未发现新疫点。
据农业部种植业司近日对主产区和部分批发市场柑橘销售情况的调度表明，四川广元柑橘大实蝇事件已引发部分消费者恐慌，造成湖北、重庆、江西、北京等部分主产区和主销区柑橘销售受阻，销量大减，价格大跌。此外，农业部门还预计四川广元柑橘大实蝇事件对即将上市的中晚熟品种也将产生影响。
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