为加快实施创新驱动发展战略，国务院已出台了促进科技成果转化法及若干规定，明确可提取不低于50%的科技成果转化收入用于奖励科技成果的实际完成人，各地方政府亦据此制定了相应的鼓励政策。但在实际执行过程中，由于对横向课题（包括成果转让和技术服务）经费的使用没有单独的规定，目前基本采用跟纵向课题（国拨资金）一样的管理办法，对经费使用管得很紧，基本不能用于项目研究相关以外的开支，因此即使已经有了科技成果收益分配比例的相关规定，但由于没有明确的横向课题经费使用细则，审计部门对经费使用查得又比较严，加上又出现过科技人员创业被查的事件，使得科技人员心有余悸，不敢支配和使用这些经费，造成科技人员事实上尚无法真正享受到科技成果转化收益，伤害了科技人员的成果转化积极性，阻碍了科技成果产业化的进程。
为此，建议国家对纵向课题和横向课题分开管理，不能用纵向课题经费使用办法管理横向课题经费，应该出台区别于纵向国拨经费的更加灵活的横向科研经费使用管理办法和细则。横向课题的经费使用国家只做指导，由单位自行决定，让科技成果的实际完成人能够名正言顺的获取科技创新的收益，真正鼓励科研人员大胆创新、成果转化，推动科技与经济的紧密结合，促进国家和地方的科技创新和经济发展。
